コメントありがとうございます。役に立ったという声が聞けるのは嬉しいですね。
私はエンコード元とエンコード先を明確に分けて管理することしか考えてなかったので、ここに掲載したものがすべてです。VBScriptは本件のためだけに学習し、元のスクリプトを改造しただけの知識で、しかも多くを忘れたので、新しいものをサクッと作れる状況ではないです。Pythonなら慣れているのですぐ書けますが、利用者には実行環境を導入してもらう手間が発生しますね。
ただ、実際のところ、ここに掲載しているPythonスクリプトはVBScript版より高性能で、既にマフィンさんのいう要望（入力ファイルと出力ファイルの同居、入力ファイルの拡張子指定）は入っているんですよ。Python版の説明もよく読んでみてください。
なので、急ぐようでしたらPythonをインストールしてもらって、Python版スクリプトを実行してもらうのが手っ取り早いです。入力ファイルの拡張子は複数指定できますので、見よう見まねで適宜書き換えてください。入力元と出力先を同じにする場合、ややこしいことになるので、入力ファイルと出力ファイルの拡張子は必ず異なるものにしてください。そうしないと、次回実行時に前回出力した動画が再びエンコード対象になってしまいます。
また、Pythonスクリプトを使用する場合、2点気をつけることがあります。
1点目。Pythonはバージョン2系と3系で互換性がなくて、ここに掲載したものは2系に合わせて書いたものなので、2系を導入する必要があります。
2点目。スクリプトを適切な文字コードで保存することです。VBScriptは多分Windows標準で採用されているShift_JIS（CP932）という日本語コードをメモ帳などで無意識に使っているはずです。本記事に掲載したPythonスクリプトは1行目でUTF-8というユニコードを指定していますので、UTF-8（BOMなし）で保存します。例えば、TeraPadで編集して保存する際にUTF-8N形式を選択します。私の言っていることがよくわからなければ、メモ帳に貼り付けて、1行目の「utf-8」を「cp932」に書き換えて保存しても動作すると思うので、試してみてください。
現在、プライベートが忙しいため、取り急ぎの返事としました。VBScriptでの対応はあまり期待しないでほしいです。ちなみに、PythonスクリプトはCtrl+Cで中断できます。VBScript（が利用しているWSH）ではこれができません。